Lorsque vous rentrez dans un village, vous commencez avec le grade guenin. Vous pouvez quitter votre village, mais si c'est sans la permission de votre Kage, vous serez considéré comme traître et vous serez recherché, alors mieux vaut être puissant pour cela. Vous pouvez également prendre le contrôle d'un village/organisation en tuant son chef. Si vous voulez devenir membre d'une organisation, vous devrez attendre que le chef, ou l'un des membres viennent vous chercher. C'est le chef qui décide si il va faire rentrer un ninja dans son organisation. Si il vout choisi c'est que vous devez être plutôt puissant. Vous pouvez refuser son offre, mais dans ce cas vous risquer de vous faire attaquer par ceux qui viendront vous chercher.